Arrêt maladie d'un auto-entrepreneur : quelles sont les étapes à suivre ?

Qu’est-ce que l’arrêt maladie pour un auto-entrepreneur ? 

Les auto-entrepreneurs ou micro-entrepreneurs sont des travailleurs indépendants, c’est la raison pour laquelle ils sont rattachés à la sécurité sociale des indépendants. 

En cas de maladie ou d’accident, l’auto-entrepreneur, est susceptible, au même titre que les salariés, d’être confronté à un problème de santé entrainant une incapacité de travail.

Afin de faire face à certaines difficultés de la vie, vous bénéficiez également d’une couverture sociale, qui couvre : 

• la santé (maladie, maternité, indemnités journalières, etc.) ;
• la retraite ;
• la prévoyance ;
• et les allocations familiales.  

• l'Union de recouvrement des cotisations de Sécurité sociale et d'allocations familiale (URSSAF) ; 
• la caisse primaire de l’assurance maladie (CPAM) ;
• et la caisse d’allocations familiales (CAF). 

Quelles sont les conditions pour bénéficier de l’arrêt maladie des auto-entrepreneurs ?

Pour bénéficier des indemnités journalières lorsqu’on est un auto-entrepreneur, il faut répondre à 4 conditions :  

• être en activité ou en maintien de droit au moment de la prescription de l’arrêt de travail ; 
• être affilié depuis 1 an (12 mois continus d’affiliation) au régime obligatoire d’assurance maladie ; 
• être à jour de ses cotisations sociales ; 
• et avoir un revenu annuel moyen supérieur à 4.208.80 € après abattement. 

Quelles sont les modalités de versement des indemnités journalières pour les auto-entrepreneurs ? 

Quel est le délai de carence ? 

Si votre médecin vous a prescrit un arrêt maladie, vous ne commencerez à percevoir des indemnités journalières qu’après 3 jours de carence. 

S’agissant des professionnels libéraux, le délai de carence est de 4 jours.

Ce délai de carence ne s'applique :

• qu'au premier des arrêts de travail dus à une même maladie pour une période de 3 ans ;
• qu'au premier des arrêts de travail dus à un accident et n'ouvrant pas droit à indemnisation par le régime invalidité-décès de la section de la CNAVPL à laquelle vous êtes affilié. 

Quelle est la durée de versement des indemnités journalières ? 

La couverture des auto-entrepreneurs en cas de maladie dépend du régime auquel il est affilié :

• le régime général :
• ou la CIPAV. 

Tableau récapitulatif de la durée de versement des indemnités journalières : 

Arrêt maladie auto-entrepreneur : comment calculer les indemnités journalières (IJ) ?

Vos indemnités journalières dépendent de votre chiffre d’affaires.

Le montant minimum de celui-ci dépend de la nature de votre activité d’auto-entrepreneur. 

Étape 1 : calcul du revenu annuel moyen (RAAM) 

Pour déterminer le montant de vos indemnités journalières en cas d’arrêt maladie en tant qu’auto-entrepreneur, vous devez d’abord calculer votre revenu d’activité annuel moyen (RAAM).

Le calcul s’effectue sur la base de votre chiffre d’affaires des 3 dernières années, après application de l’abattement fiscal correspondant à votre activité :

• Activités d’achat-revente, location, hébergement et restauration : abattement de 71 % sur le chiffre d’affaires.
• Prestations de services commerciales et artisanales : abattement de 50 %.
• Professions libérales : abattement de 34 %.

Par exemple, si vous souhaitez calculer votre revenu d’activité annuel moyen (RAAM) pour l’année 2025, vous devez additionner vos chiffres d’affaires des années 2022, 2023 et 2024, puis appliquer l’abattement correspondant.

Professions libérales affiliées à la CIPAV

Le calcul des indemnités journalières est identique à celui du régime général :
Calcul de l'IJ : 1/730 × RAAM des 3 dernières années, avec un plafond fixé à 139.104 € brut, soit 3 fois le PASS.

Cela signifie qu’en 2025, l’indemnité journalière maximale pour un auto-entrepreneur libéral affilié à la CIPAV sera de 190,55 € par jour.

Par exemple, si votre revenu d’activité annuel moyen des 3 dernières années est égal à 10.000 €, votre indemnité journalière est de 13,70 €. Vous obtiendrez ce résultat en effectuant le calcul suivant : 10.000/730 = 13,70 €.

Vous pouvez trouver facilement un simulateur d’arrêt maladie pour les auto-entrepreneurs en ligne pour vous aider avec le calcul de vos indemnités journalières.

Quelles sont les démarches à effectuer pendant l’arrêt maladie des auto-entrepreneurs ? 

Dans les 48 heures suivant la date d'interruption de travail, vous devez adresser votre arrêt de travail à l'organisme auquel vous êtes rattaché. 

Si vous cumulez votre micro-entreprise avec un emploi salarié, votre employeur devra en plus transmettre le formulaire Cerfa 11135*04 à la CPAM ou en ligne sur le site ameli.fr. 

FAQ

Comment se mettre en arrêt maladie quand on est auto-entrepreneur ? 

Pour bénéficier d’un arrêt maladie en tant qu’auto-entrepreneur, vous devez consulter un médecin qui vous délivrera un arrêt de travail. Ensuite, vous devez envoyer cet arrêt à votre Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) dans un délai de 48 heures. Si vous remplissez les conditions de revenu minimum et d'affiliation, vous pourrez percevoir des indemnités journalières après un délai de carence de 3 jours.

Peut-on cumuler un arrêt maladie auto-entrepreneur et le chômage ?

Oui, il est possible de cumuler un arrêt maladie en tant qu’auto-entrepreneur et le chômage, mais cela dépend de votre situation. Si vous percevez l'ARE (Aide au Retour à l'Emploi), celle-ci est généralement suspendue pendant votre arrêt, car vous touchez des indemnités journalières de la Sécurité sociale. En revanche, si vous êtes en maintien de droits ou en fin de droits, il est recommandé de vérifier votre situation auprès de France Travail (ex-Pôle emploi).

Quelles sont les indemnités en cas d'arrêt maladie grossesse pour un auto-entrepreneur ?

Une auto-entrepreneure enceinte peut bénéficier d’un congé maternité avec des indemnités spécifiques sous conditions de revenus et d'affiliation. Elle peut percevoir une indemnité forfaitaire de repos maternel (environ 3.900 € en 2024) et des indemnités journalières (environ 63,52 € par jour) pendant 112 jours minimum. Pour y avoir droit, elle doit justifier d’au moins 10 mois d’affiliation à la Sécurité sociale des indépendants (SSI) et avoir un revenu suffisant sur les trois dernières années.

À qui adresser la déclaration d’arrêt maladie en cas de cumul du statut de salarié et auto-entrepreneur ? 

Vous pouvez adresser votre arrêt maladie d’indépendant, à la sécurité sociale des indépendants, géré par la CPAM. Afin de contacter ce service, vous pouvez adresser une lettre, envoyer un e-mail ou encore téléphoner. 

Peut-on être en arrêt maladie et travailler en tant qu'auto-entrepreneur ? 

Vous êtes auto-entrepreneur et salarié ? Vous pouvez tout à fait être salarié en arrêt maladie et décider de créer ou poursuivre votre activité d’auto-entrepreneur. Toutefois, vous devez respecter certaines conditions. Vous serez notamment soumis à une clause de non-concurrence et ne pourrez pas exercer une activité similaire ou concurrente à celle de votre employeur. 

Un auto-entrepreneur en arrêt maladie doit-il déclarer indemnités journalières aux impôts ?

Vous n’avez pas besoin de déclarer vos indemnités journalières aux impôts. Les indemnités journalières versées par l'assurance maladie des auto-entrepreneurs sont déjà déduites de la CSG et la CRDS. 

Principales sources législatives et réglementaires : 

• décret n° 2021-755 du 12 juin 2021 relatif aux prestations maladie en espèces des professionnels libéraux ;
• article 50-0 - Code général des impôts.